La Isla de Manhattan ha sufrido todo tipo de destinos en las películas de atravez de los años. Fue atacado por monstruos en Godzilla y Cloverfield, afectados por los tsunamis en El Día Después de Mañana y profundo impacto, y el blanco de los extranjeros en el Día de la Independencia y Final Fantasy: Los Espíritus Dentro. Pero aunque soy leyenda se acerca, el barrio Nueva York nunca ha sido sometido a un desastre parecido que se muestra en la Prototype. En este acelerado mundo libre juego de acción, el ejército está haciendo lo que puede para contener un brote viral que es convertir la población de la isla en mutantes. Como amnesiac Alex Mercer, que está tratando de averiguar lo que está pasando, que pasan gran parte de su tiempo atrapados en el fuego cruzado. Afortunadamente, lo que carece de Mercer es más que recuerdos que tiene en la agilidad y superpotencias, y como resultado, es un personaje increíblemente divertido de jugar como en un juego que también cuenta con una intrigante historia, variadas misiones, y algunas memorables batallas entre jefes con sus características.